乾隆二十六年（1761年），甘国宝擢升福建水师提督，驻地厦门。

   厦门本为船舶辐辏、商船云集的澳区，为防止匪徒出没滋事，以及夹带禁物走私漏税，于是设立关部稽查，并由同知等官员查覆，派武职巡逻，防范极严密。福建水师提督衙门所辖的厦门及各汛是商船出入境之处，也是各船厂对各型船只所需木材从海外输入必经之地。

   起初，各商行为了海疆宁静，行船方便，顾念水师衙门将弁的辛劳，自动提供补助饭食和公务支用，改善膳食和办公条件。每船分开取用不多，但总数也不少。如此行之多年，遂成惯例。这种情形，本来船商是出于情愿的，只因日久弊生，便成为一种陋规，各船补助的银钱是为“陋规银”。

   乾隆二十八年（1763年），因父亲去世，甘国宝请假丁忧，赶回老家料理后事，而接替他的黄仕简上任后，发现厦门进出各口船只，都得按不同名目交以数量不等的款项。黄仕简邀功心切，就向乾隆皇帝密奏，称“各衙门文武员弁每年能获陋规番银十余万圆，如总督每年一万圆，巡抚八千圆，将军六千圆……又水师中军参将衙门每年约有九千圆。”数目如此之大，乾隆皇帝闻奏大惊，派出钦差大臣前往福建查办。

   面对钦差，甘国宝坦然叙述，毫无隐瞒。他说：“我在任时购买货物，都是发官价交给中军和标下将弁置办，官价原比市价较少，他们将中军处汇存的陋规银两添补不足的物价，也是有的。记得我刚到任时，有中军参将前来报送这些款项，当时我曾查问缘由，他们说向来都有船商给的补贴，每月多少不等，也不知起于何时，他们还说，历任都是这么做的。我也就因循守旧，没有想过要革除这项陋规……我为了节省费用，只发官价叫属员买办物件，导致他们将陋规银贴垫，如今想来，实在是与收受贿赂一样，我羞愧惶恐，实在有负天恩，罪无可赦。请求将我参革，从重治罪！”

   甘国宝深感愧对他的部属，深悔对不起信任和倚重他的乾隆皇帝，于是主动提出对自己治罪，以示惩罚。

   乾隆皇帝数次下旨微查，经十个多月的查究，将该案定性为一种陋规；对于“总督每年一万、巡抚每年八千”的说法，毫无实据；案中所涉人物，并不是贪污受贿。因此，乾隆皇帝下发谕旨：“福建厦门洋行陋规一案，因系旧例相沿，是与婪索败检者不同。”甘国宝被降职，调往云南任开化镇总兵，其他官员也都相应处理，陋规案至此销案。

   

   甘国宝事后深刻反思，写下“居官廉慎，尽心报国，勿坠家声”的庭训，以警示后人。“居官廉慎”意为，为官不但要自身保持清廉，而且还要做到用人谨慎、对事谨慎，不能因循守旧，遇到不符清廉制度的事，即使自己没有涉入、参与贪贿，作为主官也应予以干预，以免污染官场的清廉制度。