返乡的魏敬中勤慎持事，勤于笔耕。毕生致力于编史修志，在学术界颇有声望，“文名显于乡里”。清道光十二年（1832年），他途经政和，正遇上《政和县志》草稿初成。修纂者程鹏里就教于魏敬中，期盼得到帮助。魏敬中认真“综核订正，删繁就简，厘定成书”。他高度评价朱熹父子对政和的贡献，在《序》中写道“《诗》有云：‘高山仰止，景行行止’。考亭过化，其风存焉”。《政和县志》在《人物志》专设“理学”一节，记载了朱子及理学人物。

   魏敬中史官生涯中最艰难、最辛苦，也最有功绩的是总纂《福建通志》。

   道光十五年（1835年），他接受闽浙总督程祖洛之聘，任《福建通志》总纂。《福建通志》原由陈寿祺主纂，由于名土梁章矩等人持异议，形成陈、梁两派。双方因某些人物的立传有纷争，致使《福建通志》多年无法付梓。其中一派借口志稿有“五项不善”，提请官厅不予刊刻。于是，接替者高澍然愤而辞职，志稿由各分纂各自藏匿，所存极少。陈寿祺病故，魏敬中接任总纂，情势仍处于两派纷争之中。面对纷争，魏敬中迎难而上，慨然接受任务。他认真阅读志稿，听取双方意见，实事求是地加以分析。

   第二年，他又兼任福州凤池书院山长，他边执教讲席，边纂修志稿。期间，他每天五更即起，伏案笔耕，忍饥耐寒，整理残篇。他核实资料，客观谨慎，勇于考辨，秉笔直书，对旧稿去伪存真、去粗取精，反复琢磨，直至深夜。后来，因经费支绌，他还捐献自己的“束修”以资助修志。

   历经4年艰辛，魏敬中终于完成了《福建通志》的总纂任务。他重纂的《福建通志》内容翔实，观点鲜明，体例完备。他的新稿客观公正，对学界学者作出实事求是的评价，由此平息了困扰通志馆多年的两派纷争，使《福建通志》得以定稿付印。学界公认，魏敬中为福建编史修志立下殊功。在福州期间，林则徐曾与之订交，研讨诗书艺文。林则徐对他十分信服，题赠一副对联：大乐正教崇四术，太史公言成一家。上款“和斋大史大人正之”，署名“少穆弟林则徐”，足见其钦佩之意。而“太史公”称谓，正是对乐于修志、精于考辨的魏敬中的最高评价。

   咸丰十年（1860年）六月，敬中病故，享年八十三岁，魏敬中一生著述颇丰，主要有《屋漏讼过录》《观我生日记》《炳烛轩抄撮》及诗文集等，还有由其主修、人称善本的《政和县志》。